土司府是土司老爷的住所，这是一处四进院的府邸，是根据明朝天顺年间青海互助地区曾出现过的李文土司的府邸建筑风格还原而来的。一进院，是土司老爷的办公区。分别陈列着土司老爷正座、兵器架和牢房刑具。在这里还可以欣赏到一场以青海方言表演的土司老爷断案情景剧，幽默、诙谐的素材给很多游客留下了深刻的印象。

二进院，东西两边为土司府师爷房、管家房。东房为师爷房，室内筑炕，木质月亮门，有书房、会客室、正厅，散发着浓烈的书香气息，体现土司府邸的富裕和当时的土司官吏注重文化的射影；西房为管家房，与师爷房的布置格局基本相仿。

三进院是土司老爷的居所，坐北朝南的二层楼房就是土司楼，整个建筑相当精致美观，豪华贵气，雕刻栩栩如生，不难看出当时土司老爷在辖区内尊贵的社会地位。

四进院是土司府后花园，北房是来访的地方官员或亲朋好友休息的客房，西房为土司老爷的交通工具以及马具的存放处，现在演化为陈列室。后门侧设有骑马石、拴马桩。