在汉文史籍中，关于土族或“土人”这一称谓，最早出现于蒙元帝国时代，但在蒙古文记载中一直称其为“察汉蒙古尔”（意为‘白蒙古’），青海地区大部分土族这样自称之；中华人民共和国成立以后，经过民族识别，并根据土族人民意愿，统一称为土族。

在关于土族的族源问题上，学术界主要有吐谷浑说、阴山白鞑靼说、蒙古人和霍尔人融合说、沙坨突厥说、多远混合说等等、至今尚无定论。

持“吐谷浑说”者认为，土族主要是鲜卑支系吐谷浑人的后裔。而吐谷浑，是辽东鲜卑慕容氏涉归之子。涉归分给他“部落一千七百家以隶之”（《晋书-吐谷浑传》）。约公元283年（晋太康四年），涉归卒，吐谷浑庶弟嗣位。不久吐谷浑与其庶弟“二部马斗”，发生矛盾，吐谷浑遂率部西迁，“西附阴山”（今内蒙古河套北之阴山）。吐谷浑于阴山一带游牧二十余年后，乘“永嘉之乱”（312-313年），又率部“度陇而西”，到达今甘肃宁夏西北一带。至317年（东晋建武元年），吐谷浑已控制了东起洮水，西至白兰（今青海都兰县巴隆一带），南抵昂城（今四川阿坝）、龙涸（今四川松潘），北大青海湖一带的广大地区，建国于羌族故地。至吐谷浑之孙叶延时，遂以吐谷浑为姓氏，国号和部落名称。吐谷浑国极盛时的疆域，东起今甘肃南部、四川北部，南抵青海南部，西及新疆的若羌、且末，北隔祁连山与河西走廊相接。吐谷浑国后期的政治中心在今青海湖西15千米伏俟城。唐龙朔三年（663年），维持300余年的吐谷浑国为吐蕃政权所灭。于是，除一部分吐谷浑人内涉外，大部分降于吐蕃，留居原地。在吐蕃统治下的吐谷浑人，后来又逐渐降唐，被唐安置在甘、瓜、肃、凉等州。唐朝还在祁连山南，今大通河一带设州，隶属凉州都督府，专门安置降附的吐谷浑人。这一带，正是今天土族集聚的地区。至北宋初，一部分吐谷浑人仍集聚于祁连山南，今大通河一带。

清灭明后，土族地区的各土司先后率部归附于清朝，清承明制，发给其号纸印敕，准其照旧承袭，是为土司。清顺治十二年(1655年)，又授予东李土司李化龙之弟李化鳌世袭百户之职，是为小李土司。据清代部分史志记载，清代甘、青土族地区的土司共有十八家之多，其中青海土族地区十六家，即：东祁土司、西祁土司、东李土司、西李土司、吉土司、纳土司、陈土司、赵土司、辛土司、阿土司、冶土司、甘土司、朱土司、喇土司、汪土司、小李土司(李南哥后代)。甘肃卓尼勺哇土族原共有三大部落，藏文史籍中称为勺哇三族。明、清至解放前夕，勺哇土族属杨土司管辖，为上治三旗的勺哇旗，由力吾、拉代、的力、汇十那、萨迪、拉叭等七族组成。

1929年元月，青海建省。1930年，青海土族聚居的民和、互助、门源等地相继设县，该地区的土族始归由县府管理。1931年8月，南京国民政府下令废除土司制度(互助土族地区政教合一的土官制度已于1930年废除)。这样，延续300余年的土官制度被彻底废除。

1954年2月17日，经中华人民共和国国务院批准，成立了土族地区第一个自治政权——互助土族自治区。1955年，改为互助土族自治县。